Methodenspektrum
Methodenspektrum
In der AG Blut-Hirn-Schranke sind alle gängigen molekularen Techniken etabliert und werden den Wissenschaftlern zur Verfügung gestellt.
Molekularbiologische Methoden
- Nukleinsäureisolierung
- PCR
- Real-Time PCR
- Klonierung
- Hefe-Zwei-Hybrid-System
- Mutagenese
- Luciferase-Activity-Assay
- Chromatin
Biochemische Methoden
- Western Blot
- rekombinante Expression
- Polyacrylamidgelelektrophorese
- Immunoprezipitation
- Protein-Immunopräzipitation
- Zellfraktionierung
Zellbiologischen Methoden
- Isolierung und Kultivierung von primären und immortalisierten mikrovakulären Endothelzellen (EZ)
- Transfektion
- Immunozytochemie
- Messungen des Transendothelialen Elektrischen Wiederstands und der Durchlässigkeit, in vitro Krankheitsmodelle (Schlaganfall, Schädel-Hirntrauma, Entzündung, Komorbiditäten, Herzerkrankungen, Metastasierung und Alterungsprozesse)
Methoden der Bioinformatik
- Molecular dynamics methods: GROMACS, LAMMPS, AMBER, OCTA, Desmond, NAMD, PLUMED, etc.
- Quantum mechanics methods: Quantum Espresso, ABINIT, CP2K, XMD, Virtual NanoLab, SIESTA, ORCA, Gaussian, MOPAC, TeraChem, Q-Chem, etc.
- Molecular docking algorithms: AutoDock, Vina, GOLD, MOE Dock, PLANTS, GEMDOCK, FRED, DOCK6, Glide, SwissDock, HADDOCK, etc.
- Image processing algorithms: OVITO, AtomEye, IQmol, Molden, PyMol, Marvin, VMD, Avogadro, Chimera, Coot, etc.
- Biostatistics: R, MATLAB, SigmaPlot, Gnuplot, Grace, GraphPad Prism, etc.
- Programming: Python, Perl, C, Bash, etc.
- PK/PD and pathway analysis: Monolix, Berkeley Madonna, Phoenix WinNonlin, Cytoscape, R, Bioconductor, etc.
- Rational drug design algorithms: DelG-to-Kd converter, IC50-to-pIC50 converter
